Игровое время - 3946 год ДЯБ (10 лет после событий игры Knights of the Old Republic, и, соответственно, 5 лет спустя событий второй части)
Разрушительная Гражданская война джедаев завершилась практически полным их истреблением. А после восстаний Дарта Нихилуса Республика ослабла настолько, что стала уязвимой, и не смогла подавить растущую силу преступных кланов. Даже восстанавливающийся Орден Джедаев еще слишком слаб, чтобы окончательно установить мир в Галактике. Смута и хаос, характерные для послевоенного времени, постепенно поглощают все звездные миры. И если в столице Республики, на Корусанте, положение дел изменилось мало, то в мирах внешнего кольца, с потерей торговых путей, жить стало куда хуже. Кроме того, республиканцы обеспокоены новыми донесениями о многочисленных нападениях на колонии и верфи пиратскими флотилиями.
Всё больше систем заявляет о своем намерении покинуть Республику, обвиняя её в развязывании разрушительных войн и коррумпированности Сената. Назревает новый кризис, и на этот раз - дипломатический. На Ондероне вновь активировались движения, направленные на свержение власти королевы; восстание вуки на Кашиике пришлось подавить не без помощи военных, а потому отношение к Республике низко упало. Ну а такие миры, как Нар-Шаддаа и Орд Мантелл пылают от многочисленных взрывов и выстрелов, вызванных войнами банд и преступных кланов.
Но что хуже всего - восстановление академии ситов, на этот раз - на отдаленной, покрытой льдом планете Зиост, древней столице империи ситов. Мощь темной Силы сильна здесь настолько, что ощутить её могут даже обычные люди. Под руководством джедая-отступника Грейвена, взявшего имя Дарт Турион, десятки адептов темной стороны Силы готовятся стать новым поколением ситов, что ввергнут галактику в еще больший хаос, и вернут былое могущество своей Империи. Комплекс скрывается за многочисленными силовыми и маскировочными полями, и, пожалуй, только лишь это пока защищает его от республиканской разведки. Но мощь темных джедаев растет, и с каждым разом они представляют из себя всё большую угрозу миру и процветанию всей галактики...